El plazo legal de conservación de facturas para autónomos y pymes es la primera duda que surge cuando llega el momento de vaciar el archivador o borrar carpetas del ordenador: ¿puedo tirar ya las facturas de hace tres años? La respuesta corta es que no, y la respuesta larga depende de si miras la normativa fiscal o la mercantil, porque en España conviven dos plazos distintos y no siempre coinciden.
Una gestoría de Palencia que atendimos el año pasado guardaba religiosamente sus facturas durante cuatro años y las destruía después, siguiendo el criterio fiscal que le habían explicado en su día. El problema llegó cuando una entidad bancaria le pidió justificantes de una operación de hace cinco años para una auditoría de solvencia: la documentación ya no existía. Ese tipo de situación, más habitual de lo que parece, es la que este artículo pretende evitar.
Los dos plazos legales que conviven en España
En España no existe un único plazo de conservación de facturas, sino dos marcos legales que se aplican según qué autoridad pueda reclamar esos documentos: la Agencia Tributaria, por un lado, y el Registro Mercantil o un juzgado mercantil, por otro.
Criterio fiscal: 4 años
El artículo 66 de la Ley General Tributaria fija en cuatro años el plazo de prescripción del derecho de la Administración para determinar la deuda tributaria, exigir su pago y aplicar sanciones, así como el derecho del contribuyente a solicitar devoluciones. Pasado ese plazo desde que finalizó el período voluntario de declaración, Hacienda ya no puede revisar esos ejercicios.
Criterio mercantil: 6 años
El artículo 30 del Código de Comercio obliga a los empresarios a conservar libros, correspondencia, documentación y justificantes de su negocio durante seis años, contados desde el último asiento realizado en los libros contables, no desde la fecha de la factura. Esta obligación no desaparece ni siquiera si el negocio cierra: pasa a los herederos o liquidadores.
Como casi todas las pymes y la mayoría de autónomos llevan libros contables o registros de IVA, en la práctica el plazo que manda es el más largo: seis años. Guardar solo cuatro es jugar a que nunca te pidan un justificante en el quinto o sexto año, y esa apuesta se pierde con más frecuencia de la que gustaría.
Qué pasa si no conservas una factura el tiempo debido
El artículo 201 de la Ley General Tributaria tipifica como infracción tributaria el incumplimiento de las obligaciones de facturación o documentación. Cuando el incumplimiento consiste en no expedir o no conservar facturas, la sanción es una multa proporcional del 2% del importe de las operaciones que hayan originado la infracción, con un mínimo de 300 euros por cada ejercicio.
Ese 2% se calcula sobre el importe total de las operaciones afectadas, no sobre el beneficio, lo que puede convertir una carpeta desordenada en una sanción con más ceros de los esperados si Hacienda decide comprobar varios ejercicios a la vez. Y no hace falta una inspección completa: basta con un requerimiento puntual sobre una operación concreta para descubrir que el justificante ya no existe.
- Sanción del 2% del importe de las operaciones por no expedir o conservar facturas.
- El plazo se cuenta operación por operación, no solo por ejercicio fiscal completo.
- La carga de la prueba de haber conservado la documentación recae en el empresario, no en Hacienda.
Qué documentos entran dentro de esta obligación
La obligación no se limita a las facturas emitidas. También hay que conservar las facturas recibidas, los justificantes de gastos deducibles, la correspondencia comercial relevante, los contratos con proveedores y clientes, y los libros registro de IVA (facturas emitidas, recibidas, bienes de inversión y determinadas operaciones intracomunitarias).
| Documento | Plazo recomendado |
|---|---|
| Facturas emitidas y recibidas | 6 años |
| Libros registro de IVA | 6 años |
| Justificantes de gastos deducibles | 6 años |
| Documentación de operaciones con bienes de inversión | Vida útil del bien + 6 años |
| Nóminas y documentación laboral | 4 años (plazo específico de Seguridad Social) |
El caso de los bienes de inversión merece un matiz: si una empresa deduce el IVA de una máquina o de un local y luego lo regulariza durante los años siguientes, el plazo de conservación de esa factura concreta se extiende mientras dure la regularización, que puede ser de 5 o 10 años según el tipo de bien.
Formato digital: ¿vale con guardar el PDF?
Sí, siempre que se garantice la autenticidad del origen, la integridad del contenido y la legibilidad durante todo el plazo de conservación. Esto es precisamente lo que persigue Verifactu, el sistema de requisitos para el software de facturación que ya explicamos con detalle en nuestro artículo sobre los requisitos del software de facturación con Verifactu.
Guardar una carpeta de PDFs sueltos en el escritorio no es lo mismo que tener un sistema con registro cronológico, huella y trazabilidad. Si un inspector pide justificar una operación de hace cuatro años y el archivo se ha movido, renombrado o corrompido, la carga de demostrar que ese documento es fiel al original recae en la empresa.
Este es uno de los motivos por los que muchas pymes acaban automatizando el archivo digital de sus facturas en lugar de confiar en carpetas manuales; lo explicamos en detalle en cómo automatizar el archivo digital de facturas y documentos.
Cómo organizar la conservación sin que sea una carga
En la mayoría de pymes el problema no es no saber que hay que guardar las facturas, sino que el archivo depende de que una persona concreta las descargue, las nombre bien y las suba a la carpeta correcta cada semana. Cuando esa persona está de baja, cambia de puesto o simplemente acumula trabajo, el archivo se llena de huecos.
- Centraliza la recepción de facturas en un único canal (correo dedicado o carpeta compartida) en lugar de depender de reenvíos manuales.
- Numera y clasifica automáticamente por ejercicio fiscal y tipo de documento en el momento de la recepción, no meses después.
- Haz una copia de seguridad externa al sistema de facturación, para no depender de un único proveedor de software.
- Revisa antes de destruir cualquier documento que ya haya superado el plazo, que ninguna operación relacionada siga abierta (financiaciones, subvenciones, litigios).
Un empleado IA de backoffice puede encargarse de recibir, clasificar y archivar cada factura en el momento en que llega, sin que dependa de que nadie se acuerde. Puedes calcular cuánto tiempo administrativo se ahorra con nuestra calculadora de coste de un empleado administrativo y compararlo con lo que cuesta mantener el archivo al día manualmente.
Qué hacer si descubres que faltan facturas antiguas
Antes de asumir que un documento se ha perdido para siempre, conviene comprobar varias fuentes: el propio software de facturación (que suele conservar copia aunque el PDF original haya desaparecido del ordenador), el correo electrónico donde se recibió, y el proveedor o cliente que la emitió, que está obligado a conservar su propia copia durante el mismo plazo.
Si la factura recibida se ha extraviado de verdad y el proveedor ya no puede reemitirla, lo razonable es documentar el gasto con cualquier otro justificante disponible (extracto bancario, contrato, albarán) y dejar constancia de las gestiones realizadas para recuperarla, de forma que quede claro que no ha habido negligencia. No es una solución perfecta, pero reduce el riesgo frente a una comprobación posterior.
Este tipo de situaciones suele repetirse en empresas que han cambiado de gestoría, de software de facturación o de persona encargada de la administración más de una vez en pocos años: cada migración es una oportunidad para que algún documento se quede a medio camino entre el sistema antiguo y el nuevo.
Preguntas frecuentes
¿Cuántos años hay que guardar las facturas si soy autónomo sin empleados?
El plazo fiscal es de 4 años, pero si llevas libros registro de IVA (obligatorio para la inmensa mayoría de autónomos), el Código de Comercio amplía la conservación a 6 años desde el último asiento. En la práctica, conviene aplicar siempre los 6 años.
¿El plazo se cuenta desde la fecha de la factura o desde el cierre del ejercicio?
El plazo fiscal de 4 años se cuenta desde que termina el período voluntario de declaración del impuesto al que afecta la factura. El plazo mercantil de 6 años se cuenta desde el último asiento contable realizado en los libros, que suele ser posterior al cierre del ejercicio.
¿Puedo destruir el papel si conservo una copia digital?
Sí, siempre que la copia digital garantice la autenticidad e integridad del documento y se conserve legible durante todo el plazo. Un simple escaneo suelto es más frágil ante una comprobación que un sistema con registro y trazabilidad.
¿Qué pasa con las facturas de bienes de inversión, como maquinaria o locales?
Su plazo de conservación se extiende mientras dure el período de regularización de las deducciones de IVA asociado a ese bien, que puede llegar a 5 o 10 años, además de los 6 años generales posteriores.
¿La sanción del 2% se aplica aunque la operación esté correctamente declarada?
Sí. La sanción del artículo 201 de la Ley General Tributaria castiga no conservar o no expedir la factura en sí, independientemente de que el impuesto correspondiente se haya declarado correctamente en su momento.